อเล็กซ์ เฟอร์กูสันได้เข้ามาคุมทีมต่อ โดยในฤดูกาลแรกสโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับ 11 แต่ในปีต่อมาก็ได้อันดับสองโดย
ไบรอัน แมคแคลร์ทำประตูได้ถึง 21 ประตู เป็นคนแรกของทีมหลังจากที่จอร์จ เบสต์เคยทำได้มาก่อนหน้านี้
ในปี 1989 เฟอร์กูสันเกิดความยากลำบากในการคุมทีมขึ้น เนื่องจากตัวผู้เล่นหลายตัวที่เขานำเข้ามาในทีมไม่เป็นที่พอใจของแฟนบอล มีข่าวออกมาว่าสโมสรจะปลดเฟอร์กี้ออกจากการเป็นผู้จัดการทีมในช่วงต้นปี 1990 แต่การชนะนอตติ้งแฮม ฟอเรสต์ในรอบสาม ของเอฟเอ คัพ ก็ทำให้เขาสามารถคุมทีมต่อไปได้ จนคว้าแชมป์เอฟเอ คัพได้ในปีนั้น เป็นแชมป์แรกให้กับเขาในการคุมแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด
ฤดูกาล 1990-91 แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ดคว้าแชมป์คัพ วินเนอร์ส คัพ โดยการเอาชนะบาร์เซโลนา จาก
สเปน ในนัดชิงชนะเลิศ แต่ปีต่อมาทีมทำผลงานไม่ดีนักใน
พรีเมียร์ลีก
สโมสรแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดได้เข้าสู่
ตลาดหลักทรัพย์ใน
ลอนดอนเมื่อปี 1991 ด้วยมูลค่าทรัพย์สิน 18 ล้านปอนด์ จากนั้น สโมสรต้องเปิดเผยข้อมูลการเงินทั้งหมดสู่สาธารณะ
เอริค คันโตนาย้ายจาก
ลีดส์ ยูไนเต็ดมาร่วมทีมเมื่อปี 1992 ส่งผลต่อความสำเร็จของทีมเป็นอย่างมาก ทำให้ทีมได้แชมป์พรีเมียร์ลีกในฤดูกาลนั้นทันที ซึ่งนับเป็นแชมป์ลีกหนแรกในรอบ 26 ปี นับจากที่ได้มาครั้งล่าสุดในปี 1967 ปีต่อมา ทีมได้ดับเบิลแชมป์เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์สโมสร แต่ในปี 1994 นั้นเอง แมตต์ บัสบี้ ตำนานกุนซือของได้เสียชีวิตลงในวันที่ 20 มกราคม
ฤดูกาล 1994-95 คันโตนาถูก
สมาคมฟุตบอลอังกฤษลงโทษห้ามแข่งถึง 8 เดือน หลังจากที่ไปกระโดดถีบใส่แมทธิว ซิมมอนส์ แฟนบอลคริสตัล พาเลซ ปีนั้น แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดได้รองแชมป์ทั้งพรีเมียร์ลีกและเอฟเอ คัพ เฟอร์กูสันได้กระทำสิ่งที่ขัดใจแฟนบอลของทีมอีกครั้ง ด้วยการขายนักเตะสำคัญของทีมและดันนักเตะจากทีมเยาวชนขึ้นมาเล่นแทน แต่ปีนั้นทีมก็สามารถคว้าดับเบิ้ลแชมป์ได้อย่างน่ายกย่อง โดยเป็นทีมแรกของเกาะอังกฤษ ที่สามารถคว้าดับเบิ้ลแชมป์ได้เป็นสมัยที่สองซึ่งเว้นจากครั้งแรกที่ได้ดับเบิ้ลแชม์ในปี 1994 เพียงปีเดียว และสามารถที่จะลบคำสบประมาทที่ถูกปรามาสเอาไว้ว่าไม่สามารถที่จะประสบความสำเร็จใดๆได้ จากการผลักดันเด็กเยาวชนของทีมให้ขึ้นมาเล่นในทีมชุดใหญ่
สโมสรคว้าแชมป์ลีกอีกครั้งในปี 1997 จากนั้น เอริค คันโตนาได้ประกาศเลิกเล่นฟุตบอลด้วยวัยเพียง 30 ปีซึ่งเร็วกว่านักเตะคนอื่นๆ มาก ฤดูกาลทีมยังเริ่มต้นการแข่งขันได้ดี แต่มีปัญหาอาการบาดเจ็บรบกวนมามากจนทำให้จบฤดูกาลได้เพียงอันดับสองเท่านั้น
ปี 1998-99 ถือเป็นปีที่ประสบความสำเร็จมากที่สุดในประวัติศาสตร์สโมสร ด้วยการเป็นทีมแรกของอังกฤษที่คว้าทริปเปิลแชมป์ ซึ่งประกอบด้วยพรีเมียร์ลีก เอฟเอคัพ และยูฟา แชมเปี้ยนส์ลีกได้ในฤดูกาลเดียวกันอย่างน่าประทับใจ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ในรอบชิงชนะเลิศฟุตบอลยูฟ่า แชมเปียนส์ลีก โดยในนาทีสุดท้ายของเกมนั้น ทีมยังตามหลังบาเยิร์น มิวนิกอยู่ 1-0 แต่แล้วในช่วงทดเวลาบาดเจ็บ 3 นาทีนั้น ทีมสามารถทำได้ถึงสองประตูพลิกกลับมาชนะ 2-1 ได้อย่างเหลือเชื่อจาก
เท็ดดี้ เชอริงแฮม และ "เพชรฆาตหน้าทารก"
โอเล่ กุนนาร์ โซลชา
จากการคว้าสามแชมป์ ทำให้อเล็กซ์ เฟอร์กูสันได้รับการพระราชทาน
เครื่องราชอิสริยาภรณ์จาก
สมเด็จพระบรมราชินีนาถเอลิซาเบถที่ 2 เป็นท่านเซอร์อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน เพื่อตอบแทนผลงานที่สามารถสร้างชื่อเสียงและเกียรติประวัติให้แก่ประเทศ ซึ่งถือเป็นบุคคลที่ได้รับตำแหน่งท่านเซอร์คนที่ 3 ในประวัติศาสตร์ของสโมสร โดยผู้ที่ได้รับคนแรกคือ เซอร์แมตต์ บัสบี้ คนที่สองคือ เซอร์บ็อบบี้ ชาร์ลตัน ตำนานของสโมสรแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด
หลังจากคว้าแชมป์ลีกในฤดูกาลที่ผ่านมา ในฤดูกาล 1999-2000 ถึง 2000-2001 ยูไนเต็ดสร้างประวัติศาสตร์ใหม่ในวงการฟุตบอลอังกฤษโดยการแชมป์ลีก 3 ครั้งติดต่อกัน ซึ่งเป็นทีมทึ่ 3 ที่ทำได้ (ทีมที่ทำได้ก่อนหน้าคือทีมแรกอาร์เซนอลฤดูกาล 1932-33, 1933-34 และ 1934-35และลิเวอร์พูล) และในช่วงนั้นยูไนเต็ดได้คว้าตัวนักเตะสำคัญคือ กองหน้าชาวดัตช์
รุด ฟาน นิสเตลรอย ซึ่งปัจจุบันได้กลายเป็น 1 ในตำนานสโมสรที่ลงสนาม 220 นัด และยิงได้ถึง 150 ประตู และริโอ เฟอร์ดินานด์ กองหลังที่มีค่าตัวสูงถึง 30 ล้านปอนด์
แต่อย่างไรก็ดี ในปี 2001-2006 ยูไนเต็ดได้ประสบปัญหาหลายอย่าง อย่างแรกคือสโมสรไม่สามารถหาผู้รักษาประตูที่เป็นตัวตายตัวแทนของ
ปีเตอร์ ชไมเคิ่ล ได้ สโมสรได้เปลี่ยนผู้รักษาประตูมือ 1 หลายคน ไม่ว่าจะเป็นมาร์ค บอสนิช, ไรมอนด์ ฟาน เดอ ฮาว, มัสซิโม่ ตาอิบี้, พอล ราชุบก้า, แอนดี้ กอแร่ม,
ฟาเบียง บาร์กเตซ, ทิม โฮเวิร์ด, รอย คาโรล, และ ริคาร์โด้ โลเปซ และปัญหาอีกอย่างหนึ่งคือมีผู้เล่นที่เป็นกำลังหลักจำนวนมากได้ออกจากสโมสรไม่ว่าจะเป็น
ยาป สตัม,
เดวิด เบ็คแฮม,
รอย คีน กัปตันทีม, หรือแม้กระทั่งรุด ฟาน นิสเตลรอย โดยมีสาเหตุมาจากการมีปัญหากับเซอร์อเล็กซ์ เฟอร์กูสัน
[4] [5] ทั้งสิ้น ในช่วง 5 ปีนี้ ยูไนเต็ดคว้าแชมป์ลีกเพียงครั้งเดียว (ฤดูกาล 2002-2003) และได้ถ้วยรางวัลอื่นๆ อีก 2 รายการ คือ เอฟเอคัพ (2003-2004) และ ลีกคัพ (2005-2006) เท่านั้น โดยใน 2 ฤดูกาลหลัง เชลซีได้เข้ามามีบทบาทเด่นในฟุตบอลลีกเนื่องมาจากการเข้าเทคโอเวอร์สโมสรของ โรมัน อบราโมวิช มหาเศรษฐีชาวรัสเซีย ทำให้เชลซีมีงบประมาณซื้อตัวผู้เล่นไม่จำกัดและคว้าแชมป์ลีก 2 ปีติดต่อกัน
ต่อมาในปี 2006-2008 อเล็กซ์ เฟอร์กูสันได้ผ่าตัดทีมใหม่อีกครั้ง โดยมีแกรี่ เนวิลล์ เป็นกัปตันทีมคนใหม่ที่รับตำแหน่ง
กัปตันแทน รอย คีน 11 ผู้เล่นของยูไนเต็ดมีความลงตัวกว่าปีที่ผ่านๆ มา ผู้เล่นที่โดดเด่นมี เอดวิน ฟาน เดอ ซาร์ ผู้รักษาประตูทีมชาติฮอลแลนด์ที่เป็นตัวแทนของ ปีเตอร์ ชไมเคิ่ล และกองหลังมีเนมานย่า วิดิช ผู้เล่นยอดเยี่ยมของเซอร์เบียแอนด์มอนเตเนโกร และริโอ เฟอร์ดินานด์กองหลังค่าตัว 30 ล้านปอนด์เป็นแกนกลาง, ปีกซ้ายขวามี คริสเตียโน่ โรนัลโด้ ปีกดาวรุ่งโปรตุเกสที่สืบทอดเสื้อหมายเลข 7 ต่อจากเดวิด เบ็คแฮม และนานี่ ปีกดาวรุ่งผู้เป็นตัวแทนของไรอัน กิ๊กส์ และกองหน้ามี
เวย์น รูนี่ย์ ดาวยิงประตูที่มีค่าตัวถึง 27 ล้านปอนด์
[6] เป็นกำลังหลัก อเล็กซ์เฟอร์กูสันได้กล่าวว่าทีมชุดนี้เป็นชุดที่ยอดเยี่ยมไม่แพ้ชุดปี 1999, ซึ่งทีมชุดนี้สามารถนำแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดไล่ล่าความสำเร็จอีกครั้ง โดยการคว้าแชมป์ลีก 3 ปีติดต่อกันในปี 2006-2009 และการคว้าแชมป์ยูฟ่า แชมเปี้ยนส์ลีกอีกครั้งในฤดูกาล 2007-2008
